En Uruguay, el sector agropecuario (animales de producción y sus derivados) representa una de las principales bases de su economía, con cerca de un 70% de sus exportaciones concentradas en este rubro. Las industrias productoras de alimentos de origen animal ven gravemente afectados sus parámetros productivos principalmente por los problemas sanitarios, que inciden profundamente en los rendimientos zootécnicos. Los coronavirus, patógenos de relevancia que afectan esta cadena productiva, son virus de RNA capaces de infectar aves y mamíferos, con alta tasa de mutación y recombinación. Las infecciones por CoVs causan enfermedades respiratorias y entéricas, con implicancias en la salud humana y animal con gran impacto en las áreas productivas. El presente proyecto propone realizar la caracterización genómica del coronavirus que afecta las aves comerciales (IBV), el ganado vacuno (BCoV), así como de los coronavirus que infectan a los cerdos (TGEV, PRCV, PEDV, SADS CoV, PHEV y PDCoV). Para ello se utilizarán bancos de muestras positivas para estos patógenos, así como muestras que serán diagnosticadas en el marco de este proyecto. Para el diagnóstico de las muestras se utilizarán técnicas de PCR en tiempo real, las cepas virales serán aisladas en cultivos celulares y huevos embrionados y se emplearán técnicas de secuenciación masiva para la obtención de los genomas completos. La identificación y caracterización genómica de estos agentes virales son herramientas claves para controlar y mitigar los efectos de estos patógenos en la industria agropecuaria de nuestro país. El monitoreo continuo mediante metodologías de diagnóstico, la comprensión de los mecanismos evolutivos y de transmisión de patógenos que afectan la producción, no solo representa una ventaja para la industria agropecuaria, sino también para prevenir y controlar posibles amenazas para la salud pública.