Son escasos los estudios sobre el uso de codones sinónimos que se han hecho en más de una especie de grupos emparentados. Se ha visto que éstos no siempre se mantienen, sino que algunos "aparecen" en determinadas especies y "desaparecen" en otras. Ahora, las preguntas surgen naturalmente: dado un grupo filogenéticamente emparentado ¿cuáles serían los codones óptimos del último ancestro común del grupo? ¿Qué patrones se observarían si, dentro del grupo, se procede a ir "mapeando" la aparición y desaparición de los codones óptimos en cada uno de los nodos internos?¿Cómo son los patrones de coevolucion entre los diferentes codones optimos, aminoácidos con codones óptimos y tRNAs?¿Cómo van cambiando en los diferentes taxa y en los diferentes niveles taxonómicos? En definitiva, ¿cómo es el tempo y el modo de evolución de estas caracaterísticas? La extensión natural de esta idea es llegar a los mismos orígenes de la traducción ¿con los datos disponibles en este momento (genomas completamente secuenciados) es posible detectar los primitivos codones traduccionalmente óptimos? ¿Si esto es así, cuáles eran? En otras palabras, ¿cuáles eran los codones óptimos de LUCA? Este proyecto plantea aportar información para contestar estas preguntas a partir de la construcción de árboles filogenéticos construídos tomando como marcadores moleculares los genes ortólogos presentes en los procariotas completamente secuenciados para cada nivel de clasificación taxonómica elegido. Se estudiará, además la evolución de la composición del proteoma de cada especie, tanto en los niveles de organismos completamente secuenciados, como en muestras ambientales (metagenómica).