La metagenómica es un área que ha ganado creciente interés, con una gran diversidad de enfoques ecológicos, biotecnológicos y sanitarios. La composición de la microbiota tiene grandes implicancias en la salud humana y animal. En bovinos, se propuso que la composición de la microbiota del tracto reproductivo de las hembras condiciona el comportamiento reproductivo, la susceptibilidad a patógenos genitales y la salud de los animales neonatos. Estas hipótesis deben ser probadas a través del análisis de diferencias en la microbiota de casos y controles, para lo cual es importante contar con información de la microbiota del ganado sano. Esta línea de investigación se está iniciando con un proyecto FCE financiado por ANII, que está enfocado en analizar la composición de la microbiota vaginal bovina en relación al ciclo reproductivo. Los resultados del proyecto serán una línea de base para el diseño de futuros proyectos que analicen la asociación entre la microbiota y el comportamiento reproductivo, lo cual podrá influir en mejorar la productividad de los rodeos.